Там где Fuses тыкаешь Advanced - откроется окно редактирования фьюзов (они считываются автоматически). Для выбора источника тактов тебе нужен Low Fuse - жми кнопку С и из списка выбери нужное сочетание (нижний список), нажми Ок и нажми Write. Ничего сверхестественного.
Скачал какойто архив с того сайта- там все апгрейты этого девайса. Открыл atmega_fusebit_doctor_V2d там есть печатки и схема. А вот прошивки какмието странные если конечно это прошивки. У них форматы НЕХ (с этим я знаком), brd, sch, BIN. Че это за файлы?